Nguyên lý khử trùng của natri hypoclorit chủ yếu bao gồm ba khía cạnh:
Axit hypoclorơ được hình thành thông qua quá trình thủy phân, axit hypoclorơ tiếp tục phân hủy để tạo thành oxy sinh thái mới. Tính chất oxy hóa mạnh của oxy sinh thái mới làm biến tính các chất như protein trên vi khuẩn và vi-rút, do đó tiêu diệt các vi sinh vật gây bệnh.
Axit hipoclorơ có thể xâm nhập vào vi khuẩn (virus) và phản ứng với các polyme hữu cơ như protein của vi khuẩn (virus), axit nucleic và enzyme, do đó tiêu diệt các vi sinh vật gây bệnh.
Các ion clorua do axit hipoclorơ tạo ra có thể làm thay đổi đáng kể áp suất thẩm thấu của vi khuẩn và vi-rút, khiến tế bào của chúng mất hoạt động và chết.